O Sistema de Avaliação desenvolvido pela CAPES divide-se em dois processos distintos, que se referem à entrada e à permanência dos cursos de mestrado e doutorado. Ambos os processos seguem critérios debatidos e atualizados pela comunidade acadêmico-científica a cada período avaliativo, tendo sua qualidade assegurada pela análise dos pares, o que confere reconhecimento e confiabilidade ao processo. As decisões, ações e resultados tem sua transparência firmada a partir da ampla divulgação no site da CAPES e nas páginas das áreas de avaliação.
A Avaliação Quadrienal é parte do processo de permanência, e é realizada seguindo sistemática e conjunto de quesitos básicos estabelecidos no Conselho Técnico Científico da Educação Superior (CTC-ES). Os resultados da avaliação periódica são expressos em notas, numa escala de 1 a 7, e fundamentam quais cursos obterão a renovação de reconhecimento para a continuidade de funcionamento no período subsequente.