O processo seletivo para ingresso no Mestrado em Química Aplicada é realizado anualmente, normalmente nos meses de fevereiro e março pela Comissão de Bolsas nomeada pelo Colegiado do Programa. O processo de seleção de candidatos é composto por duas etapas:
a) Prova escrita de conhecimentos específicos em Química Geral
b) Análise do Curriculum Lattes;
O detalhamento das etapas do processo de seleção bem como o programa e a bibliografia sugerida para a prova escrita, são divulgados anualmente em Edital específico, normalmente entre os meses de outubro a novembro.